Yuvalanmış PCR için bir PCR veya QPCR manuel iş istasyonu kullanılabilir mi?
İç içe PCR, moleküler biyolojide PCR amplifikasyonunun özgüllüğünü ve duyarlılığını arttıran güçlü bir tekniktir. İkinci tur tavada kullanılan primerler, ilk turun ürünü içindeki dizilere iki tur PCR reaksiyonu içerir. PCR veya QPCR manuel iş istasyonlarının bir tedarikçisi olarak, genellikle iç içe PCR için iş istasyonlarımızın uygunluğu hakkında sorular alıyorum. Bu blog yazısında, iç içe PCR için bir PCR veya QPCR manuel iş istasyonunun kullanılıp kullanılamayacağını keşfedeceğim ve hususları ve avantajları tartışacağım.
İç içe PCR'yi anlamak
İç içe PCR, standart PCR tekniğinin bir modifikasyonudur. Standart bir PCR'de, belirli bir DNA fragmanını yükseltmek için tek bir çift primer kullanılır. Bununla birlikte, iç içe PCR'de, art arda iki PCR reaksiyonunda iki set primer kullanılır. İlk primer seti daha büyük bir DNA fragmanını güçlendirir ve ilk amplikon içinde bulunan ikinci primer seti, daha küçük, daha spesifik bir parçayı yükseltir. Bu iki aşamalı işlem, spesifik olmayan amplifikasyonu önemli ölçüde azaltır ve hedef DNA'yı başarılı bir şekilde amplifiye etme şansını arttırır, özellikle hedef düşük bollukta veya hedef olmayan DNA'nın yüksek bir arka planı olduğunda.
PCR veya QPCR manuel iş istasyonlarının özellikleri
PCR veya QPCR manuel iş istasyonları, PCR ve qPCR reaksiyonlarının gerçekleştirilmesi için kontrollü bir ortam sağlamak üzere tasarlanmıştır. Bu iş istasyonları tipik olarak kontaminasyonu önlemek için temiz bir tezgah, doğru reaktif dağıtım için ayarlanabilir pipetleme istasyonları ve PCR döngüsü için sıcaklık kontrollü bir blok gibi özelliklere sahiptir.
Manuel bir iş istasyonundaki temiz tezgah, kontaminasyon yanlış pozitif sonuçlara yol açabileceğinden, iç içe PCR için çok önemli olan havadaki parçacıkları ve mikroorganizmaları uzaklaştıran HEPA filtreleri ile donatılmıştır. Ayarlanabilir pipetleme istasyonları, iç içe PCR'nin hem birinci hem de ikinci turları için gerekli olan küçük hacim reaktiflerinin hassas ölçülmesine ve transferine izin verir. Sıcaklık kontrollü blok, denatürasyon, tavlama ve uzatma dahil PCR için gereken farklı sıcaklık döngülerini doğru bir şekilde simüle edebilir.
İç içe PCR için bir PCR veya QPCR manuel iş istasyonu kullanma
Evet, iç içe PCR için bir PCR veya QPCR manuel iş istasyonu etkili bir şekilde kullanılabilir. İşte nasıl:
1. Örnek hazırlık
Manuel iş istasyonu tarafından sağlanan temiz ortam, örnek hazırlama için idealdir. Yuvalanmış PCR'de düşük bolluklu hedef DNA ile çalışırken, herhangi bir kontaminasyon sonuçları bozabilir. HEPA filtrelenmiş temiz tezgah, birinci yuvarlak PCR reaksiyonunun ekstraksiyonu ve ilk kurulumu sırasında numunelerin harici kirleticilerden korunmasını sağlar.
Örneğin, DNA'yı klinik bir örnekten çıkarırken, iş istasyonunun temiz ortamı, çevresel DNA veya diğer kirleticiler getirme riskini en aza indirir. Ayarlanabilir pipetleme istasyonları, DNA ekstraksiyon tamponları, enzimler ve primerler gibi reaktiflerin doğru bir şekilde eklenmesine izin vererek, ilk yuvarlak PCR reaksiyonunun doğru şekilde kurulmasını sağlar.
2. İlk - Yuvarlak PCR
Manuel iş istasyonundaki sıcaklık kontrollü blok, ilk yuvarlak PCR için gereken sıcaklık döngülerini doğru bir şekilde yürütebilir. Denatürasyon aşaması, genellikle 94-98 ° C civarında, tavlama aşaması (sıcaklık primer dizilerine bağlıdır) ve 72 ° C'deki uzatma aşaması tam olarak kontrol edilebilir. Bu doğru sıcaklık kontrolü, ilk yuvarlak PCR'de daha büyük DNA fragmanının uygun amplifikasyonu için gereklidir.
Pipetleme istasyonları ayrıca reaksiyon karışımına uygun miktarlarda şablon DNA, primer, DNTP ve polimeraz eklenmesinde hayati bir rol oynar. Kesin pipetleme, reaksiyon koşullarının ilk yuvarlak amplifikasyon için en uygun olmasını sağlar.
3. İkinci - Yuvarlak PCR
İlk yuvarlak PCR'den sonra, ürün ikinci yuvarlak PCR için şablon olarak kullanılır. Manuel iş istasyonu, kontaminasyonu önlemek için ilk yuvarlak ürünün dikkatli bir şekilde ele alınmasına izin verir. Pipetleme istasyonları, birinci yuvarlak ürünün küçük bir hacmini ikinci yuvarlak reaksiyon karışımına doğru bir şekilde aktarabilir.
Sıcaklık kontrollü blok yine ikinci yuvarlak PCR için gerekli sıcaklık döngülerini sağlar. İkinci yuvarlak primerler ilk tur amplikon içinde yuvalandığından, tavlama sıcaklığı farklı olabilir ve manuel iş istasyonu, daha küçük, daha spesifik DNA fragmanının spesifik amplifikasyonunu sağlamak için buna göre ayarlanabilir.
İç içe PCR için manuel iş istasyonu kullanmanın avantajları
1. Maliyet - Etkili
Tam otomatik iş istasyonlarına kıyasla, PCR veya qPCR manuel iş istasyonları genellikle daha maliyetlidir - etkilidir. Sınırlı bütçeleri olan laboratuvarlar veya yüksek verimli iç içe PCR gerektirmeyen laboratuvarlar için, manuel iş istasyonu pratik bir çözüm sunar. Pahalı otomatik ekipmanlara büyük bir yatırıma ihtiyaç duymadan yüksek kaliteli iç içe PCR'ye izin verir.
2. Esneklik
Manuel iş istasyonları daha fazla esneklik sunar. Kullanıcı, yuvalanmış PCR protokolünün özel gereksinimlerine göre ayarlamalara izin veren pipetleme işlemi üzerinde tam kontrole sahiptir. Örneğin, belirli bir numune farklı bir primer konsantrasyonu veya değiştirilmiş bir sıcaklık profili gerektiriyorsa, kullanıcı reaksiyonun kurulumu sırasında bu değişiklikleri kolayca yapabilir.
3. Eğitim ve aşinalık
Birçok laboratuvar teknisyeni zaten manuel pipetleme tekniklerine aşinadır. Yuvalı PCR için manuel bir iş istasyonu kullanmak, karmaşık otomatik sistemler üzerinde kapsamlı bir eğitim gerektirmez. Bu aşinalık, iç içe PCR protokolünün daha verimli ve doğru yürütülmesine yol açabilir.
Husus
Yuvalı PCR için bir PCR veya QPCR manuel iş istasyonu kullanılabilirken, bazı hususlar vardır:
1. Operatör becerisi
Bir manuel iş istasyonu kullanan iç içe PCR'nin doğruluğu büyük ölçüde operatörün becerisine bağlıdır. Numunelerin hassas pipetleme ve dikkatli bir şekilde kullanılması çok önemlidir. Yetersiz pipetleme becerileri, iç içe PCR'nin amplifikasyon verimliliğini ve özgüllüğünü etkileyebilen yanlış reaktif hacimlerine yol açabilir.
2. Verim
Manuel iş istasyonları otomatik sistemlere kıyasla daha düşük bir verime sahiptir. Bir laboratuvarın aynı anda çok sayıda iç içe PCR reaksiyonu yapması gerekiyorsa, manuel iş istasyonu en etkili seçenek olmayabilir.
İlgili diğer manuel iş istasyonları
PCR veya QPCR manuel iş istasyonlarına ek olarak, ilgi çekici olabilecek başka manuel iş istasyonları da sunuyoruz. .Hücre Analizi Kılavuzu İş İstasyonuHücre bazlı deneyler için tasarlanmıştır ve hücrelerde gen ekspresyonunu incelerken iç içe PCR ile birlikte kullanılabilir. .PRCXI Pipetleme İş İstasyonuGelişmiş pipetleme özellikleri sağlar ve iç içe PCR gerçekleştiren bir laboratuvara değerli bir katkı olabilir. .Elisa Manuel İş İstasyonuELISA tabanlı yöntemler kullanarak spesifik DNA dizilerinin varlığını tespit etmek gibi iç içe PCR ürünlerinin aşağı akış analizi için kullanılabilir.
Çözüm
Sonuç olarak, iç içe PCR için bir PCR veya QPCR manuel iş istasyonu etkili bir şekilde kullanılabilir. Temiz ortamı, doğru pipetleme özellikleri ve hassas sıcaklık kontrolü, örnek hazırlamadan ikinci yuvarlak amplifikasyona kadar iç içe PCR işleminin tüm aşamaları için uygun hale getirir. Manuel iş istasyonlarının maliyet - etkinliği, esnekliği ve kullanım kolaylığı, özellikle daha küçük laboratuvarlar veya belirli araştırma ihtiyaçları olanlar için önemli avantajlardır.
PCR veya QPCR manuel iş istasyonlarımız hakkında daha fazla bilgi edinmekle ilgileniyorsanız veya iç içe PCR için kullanma hakkında sorularınız varsa, ayrıntılı bir tartışma ve potansiyel tedarik için bizimle iletişime geçmenizi öneririz. Uzman ekibimiz, laboratuvarınızın ihtiyaçları için en iyi çözümü bulmanıza yardımcı olmaya hazırdır.
Referanslar
- Dieffenbach, CW ve Dveksler, GS (1995). PCR Astarı: Bir Laboratuvar Kılavuzu. Soğuk Spring Harbor Laboratuvar Yayınları.
- Innis, MA, Gelfand, DH, Sninsky, JJ ve White, TJ (1990). PCR Protokolleri: Yöntemler ve Uygulamalar Kılavuzu. Akademik Basın.
- Saiki, RK, Gelfand, DH, Stoffel, S., Scharf, SJ, Higuchi, R., Horn, GT, Mullis, KB ve Erlich, Ha (1988). Primer - DNA'nın bir termostable DNA polimeraz ile yönlendirilmiş enzimatik amplifikasyonu. Bilim, 239 (4839), 487 - 491.